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Analysis of OmniLog Phenotype Microarray dataAnalyse von Phänotyp-Microarray-Daten

Analyse von "OmniLog® Phenotype Microarray"-Daten

Das "Phenotype MicroArray (OmniLog® PM)"-System ist in der Lage, eine große Zahl von Phänotypen gleichzeitig aufzuzeichnen, indem es die Atmung eines Organismus im zeitlichen Verlauf auf verschiedenen Substraten misst. Das phänotypische Verhalten von einzelligen Lebewesen wie Bakterien, Pilzen und tierischen Zellkulturen gegenüber bis zu 2.000 Umweltbedingungen, eingeteilt Microtiterplatten mit je 96 Feldern, kann mit dem System untersucht werden.

Das opm-Paket für die freie statistische Softwareumgebung R bietet Funktionen für das Speichern der Kinetiken, deren Aggregierung in Kurvenparameter, die Integration zugehöriger Metadaten über die Organismen und experimentellen Bedingungen sowie Methoden für die grafische und statistische Analyse dieser hochkomplexen Datensätze an. Das Paket kann 95%-Konfidenzintervalle, speziell angepasste „Heatmaps“ sowie mehrfache Vergleiche von Gruppenmittelwerten berechnen, um die geschätzten Kurvenparameter zu vergleichen. Diese können auch diskretisiert und für die phylogenetische Analyse mit externer Software exportiert werden. Berichte für taxonomische Zeitschriften wie IJSEM können ebenfalls automatisch erzeugt werden. Export und Import im YAML-, JSON- oder CSV-Format erleichtert den Datenaustausch zwischen verschiedenen Laboratorien. Die vom "OmniLog® reader" erzeugten CSV-Dateien können nicht nur leicht importiert, sondern auch automatisch in großer Zahl konvertiert werden.

 

Programm herunterladen und installieren

  • Eine dem Paket gewidmete Seite mit aktuellen Versionen, Quellcode und Installationsanleitung für alle Systeme
  • Die aktuelle Version des Pakets auf R-Forge (Quellcode, Binärdateien für Windows; auf "R Packages" in der oberen rechten Ecke klicken
  • Das Paket auf CRAN (ältere Versionen; als Quellcode sowie als Binärdatei für Windows)

 

Publikationen

 

Dokumentation

  • Die opm-Mailingliste (auch alle Neuigkeiten in Bezug auf opm werden darüber versandt)
  • Der Hauptteil der benutzerfreundlichen Anleitung
  • Die komplette Dokumentation ist leicht online zu lesen.
  • Dasselbe vollständige Manual im PDF-Format kommt mit dem Paket

 

Weiterführende Informationen

  • Das opm-Datenblatt mit einer Übersicht über die Funktionalität
  • Unsere Einführung in das opm-Seminar während Phänotyp-Microarray-Konferenz (Florenz 2015)
  • Ein Artikel über die zugrunde liegenden Visualisierungs- und quantitativen Vergleichsansätze

 

Das opm-Paket wird entwickelt in einer Kooperation zwischen der DSMZ und dem IMBE Erlangen.

Die DSMZ bietet übrigens auch die Erzeugung von "Phenotype Microarray"-Daten und deren Analysen im Haus an; unsere Seite über die phänotypische Charakterisierung enthält mehr Details dazu.

Photo of Markus  Göker
PD Dr. Göker, Markus
Telefonnr.: +49-531/2616-272
Photo of Johannes  Sikorski
Dr. Sikorski, Johannes
Telefonnr.: +49-531/2616-111