GGDC: Berechnung intergenomischer Distanzen

Das pragmatische Artkonzept für Bacteria und Archaea basiert letztlich auf DNA-DNA-Hybridisierung (DDH). Während der Taxonom dadurch im Prinzip einen Wert für die Ähnlichkeit der Genome zweier Stämme erhalten kann, ist die Technik schwierig anzuwenden und nicht leicht reproduzierbar zwischen verschiedenen Laboratorien. Vor allem kann nicht inkrementell gearbeitet werden. Die gewaltigen Fortschritte in der Sequenziertechnologie lassen bioinformatische Methoden wünschenswert erscheinen, die DDH ersetzen können.

Der GGDC-Web-Service der DSMZ ist eine Methode für intergenomische Distanzen auf dem neuesten Stand der Technik, die DDH-Werte aus Genomsequenzen berechnen kann. Diese Distanzfunktionen können mit stark reduzierten Genomen und repetitiven Sequenzen umgehen, einige davon vor allem auch mit unvollständig sequenzierten Genomen.Die mit GGDC berechneten Werte zeigen eine bessere Korrelation mit DDH-Werten als Alternativansätze wie "ANI". Der GGDC-Web-Service kann also für die genombasierte Artabgrenzung eingesetzt werden. Seit 2014 kann der GGDC auch Unterarten voneinander abgrenzen.

Der GGDC steht hier zur Verfügung.